人事档案是每个人必备的重要文件，而自然资源系统人事档案更是需要特别妥善保管。自然资源系统人事档案在哪里存放呢？根据法律保护档案的规定，个人档案更好存放在专门的档案库中。

对于自然资源相关的档案来说，同样需要妥善存放。这些档案包括土地资源情况、水资源管理、环境保护方案等等。这些档案记录了我国自然资源的丰富性、资源开发利用情况以及环境保护的历史记录，具有重要的价值。

为了更好地保护这些档案，需要遵循以下几点：

应该指定专人负责管理这些档案。他们应该掌握相关法律法规、常识和技能，确保档案的安全保密，防止丢失或遗失。

档案必须存放在干燥、通风、避光、防火的环境中。档案室应该经常进行通风换气，档案柜应该经常进行除潮处理，以减少水分损失和发霉的可能性。

再次，要制订详细严格的档案使用流程，规定使用者必须符合一定的条件，否则不得查阅相应的档案。使用过后还要及时放回正确位置进行存储，以便下次查阅。

定期对档案进行巡查，及时处理发现的问题。周期要根据档案数量、年限和重要程度等综合考虑，可根据1或2年为一轮对档案进行巡查。

因此，自然资源系统人事档案以及相关档案应妥善存放在专门的档案库中，在高标准和严格管理下进行管理和使用，以确保其安全、完整和高效使用，并为我国自然资源管理和发展提供可靠的证据和支持。